Het museum probeert een beeld te geven van wat er is gebeurd tijdens en na de overstroming van 1 februari 1953. Het museum is gevestigd in de vier caissons die zijn gebruikt voor het sluiten van het laatste gat in de dijken. Het sluiten vond plaats op 6 november 1953. De donateurs zijn verenigd in de "Vrienden van het Watersnoodmuseum ". Zij hebben gratis toegang.
De caissons die hiervoor zijn gebruikt waren afkomstig uit Engeland en oorspronkelijk bestemd voor een landing van de geallieerden bij Oostende in België, die nooit is gerealiseerd.
De caissons zijn eigendom van het Waterschap Zeeuwse Eilanden en in erfpacht bij de Stichting Nationaal Monument Watersnood 1953, die het museum exploiteert.
Caissons zijn eigenlijk betonnen boten. Deze zogenaamde Phoenix-caissons zijn 60 meter lang, 20 meter breed en 20 meter hoog. Na op hun plaats te zijn gebracht, werden ze gevuld met zand, zodat u nu in het museum over dertien meter zand loopt.
Het museum wordt opengehouden dankzij de inzet van heel veel vrijwilligers.
